Bei den Debian-Packages für nodejs ist eigentlich npm bereits enthalten. Eine separate Installation des npm Package sollte nicht erforderlich sein. Wenn dann node.js mittels apt-get aktualisiert wird, wird dann auch immer gleich die passende Version von npm automatisch mit aktualisiert. In 4.5.0 ist z.B. npm 2.15.9 dabei.
Hast du node.js auch über apt-get installiert?
Ob dies bei anderen Distributionen anders ist weiß ich nicht. Man kann bei apt-get aber auch eine Version bei der Installation erzwingen. Dann sollte dieses Package auch nicht mehr automatisch aktualiert werden.
Zumindest bei Debian sollte das Update aber auch nicht über apt-get gekommen sein. node-source kennt dieses nicht und bei Debian gibt es nur eine ganz alte Version:
npm package manager for Node.js 1.4.21+ds-2
Hast du vielleicht mal npm update oder npm update -g aufgrufen?